Zgodovinsko se je začelo zdravljenje kirurško bolnih otrok v Celjski bolnišnici po II. svetovni vojni, ko kirurško bolni in poškodovani otroci so se zdravili znotraj enotnega kirurškega oddelka v okviru »otroške kirurške postaje«.

Leta 1954, je bilo namenjeno za kirurško bolne otroke 20 postelj.
Od leta 1956 do 1964 se je število postelj zvišalo na 31, kar kaže, že v tistem času, skrb in vizija vodstva bolnišnice na rast in pomembnost otroške kirurške patologije, ter sposobnost kirurgov, ki so se z njimi ukvarjali.
Leta 1966 je bil sad skupnega truda, skrbi in poguma vodstva bolnišnice in prim. Eda Laknerja, dr. med. ustanovitev »Odseka za otroško kirurgijo«. Odgovornost vodenja novega odseka je prevzel prim. Edo Lakner, prvi in edini specialist otroške kirurgije v Sloveniji, ki je specializacijo opravil v Beogradu.

Naslednje leto 15. aprila 1967 se je odsek preselil na novo lokacijo v drugo nadstropje nadzidane stare Gizeline bolnišnice, kjer je še danes.
Leto 1969 se je odsek preimenoval v »Službo za otroško kirurgijo«. Štiri leta pozneje, decembra 1973, pa v »Oddelek za otroško kirurgijo«.
Prvi predstojnik oddelka je postal vodja odseka prim. dr. Edo Lakner, dr. med..

Na oddelku je bilo ob ustanovitvi 42 standardnih postelj v 11 sobah in 5 postelj v sobi za intenzivno nego. Dve postelji sta bili rezervirani za ortopedsko in dve za urološko otroško patologijo.

Otroške kirurške dejavnosti od ustanovitve do leta 1985 so se stalno večale (od 1311 do 2390), ležalna doba pa se je krajšala.
Ambulantna dejavnost se je leta 1967 ločila od splošne kirurgije in se je na začetku izvajala dvakrat tedensko po štiri ure.
Ločene prostore za ambulantno otroško kirurško dejavnost je oddelek dobil leta 1971. Od takrat ta dejavnost poteka vse delovne dni v letu v polnem delovnem času. Urgentna ambulantna dejavnost za kirurško bolne in poškodovane otroke je bila vseskozi organizirana v sklopu urgentne kirurške ambulantne dejavnosti.

Število ambulantnih pregledov je letno, okrog 13.000 otroških pacientov
Leta 1990 se je uvedlo, za hospitalizirane otroke na oddelku bolnišnična šola.
Leto 1994 se je oddelek, preimenoval v »Otroški oddelek kirurških strok«.

Isto leto skladno s najbolj razvitih ustanovah na svetu se je organizacija dela na oddelku prilagodila zahtevam »Magnae Cartae« otrokovih pravic. To pa je zahtevalo temeljito spremembo starega načina dela z otroki, starši oziroma skrbniki in obiskovalci (spremstvo staršev, obiski staršev preko celega dneva, nastanitev doječih mater, staršev oziroma skrbnikov).

Do leta 1988 so bili na oddelku hospitalizirani otroci do končane osnovne šole, od tega leta pa hospitaliziramo otroke in mladostnike do 18. leta, skladno z normativi pediatrične stroke. Tega leta je bila na oddelku urejena tudi soba za nadstandard.
Prav tako se je, skladno z razvojem stroke in uvedbo modernejših metod zdravljenja, ležalna doba do leta 1996 skrajšala z osem na pet dni, leta 2005 pa je padla že pod tri dni.

Tim zaposlenih kirurgov na oddelku se je usmeril v dve skupini, splošno kirurško in travmatološko. Tako smo strokovno delo kirurgov približali matičnim kirurškim strokam. Glede kadra, ta se je začel krepiti leto 1970, ko je prišla na oddelek specialistka kirurgije Teodora Medved-Berk, dr. med. in naslednje leto se je pridružila druga mlada specialistka kirurgije Majda Janež-Bizjak, dr. med.

Prim. Lakner se je upokojil 15 oktobra 1985 in je postala predstojnica oddelka prim. Teodora Medved-Berk do leta 1998.
Leto 1998 je postal predstojnik oddelka Jože Robida, dr. med., ki je to funkcijo opravil do leta 2014. Od tega leta do zdaj je v.d. predstojnice Milena Senica-Verbič, dr. med.

Ne smemo pozabiti, da Jovan Đorđević, dr. med., je delal na oddelku v prvi polovici devetdesetih do upokojitve, ter Franc Vindišar, dr. med. in Igor Černi, dr. med., sta tudi delala na oddelku na drugi polovici devetdesetih. Zadnja dva sta se kasneje odločila nadaljevati na kirurških oddelkih za odrasle.
Leto 2005 je bil sprejet na oddelku specialist otroške kirurgije Silvo Lipovšek, dr. med. (prof. otroške kirurgije v tujini), ki je specializiral v Argentini in ZDA in se za stalno selil v Slovenijo leto 2003. Po dogovoru s predstojnikom je prevzel izobraževanje otroške kirurgije vseh specializantov oddelka.
Na oddelku so opravili specializacijo in se posvetili otroški kirurgiji Milena Senica-Verbič, dr. med.; sprejeta na oddelku leto 2002, Julija Pavčnik, dr. med. sprejeta leta 2003 in Samo Kocuvan, dr. med. leto 2009.

Leto 2007 sta Silvo Lipovšek in Jože Robida dala pobudo za ustanovitev društva otroške kirurgije. Ta pobuda je imela podporo Celjske bolnišnice, Mariborskega Univerzitetnega kliničnega centra, Ljubljanskega kliničnega centra in Medicinske fakultete.

14. decembra 2007, v Splošni bolnišnici Celje je bil ustanovljen SKOK (Sekcija Kirurgov Otroške Kirurgije), ki je od takrat naprej se začel prizadevat za razvoj te mlade kirurške veje in priznanje otroške kirurgije, kot specializacija v Sloveniji. Od tega leta naprej so zdravniki oddelka bili prisotni na vseh Evropskih in svetovnih srečanj, tečajih in kongresih otroške kirurgije. Značilno otroške kirurgije v Splošni bolnišnici Celje je bilo, da od samega začetka so prevzeli model organizacije, kot je uveljavljeno po celem svetu, za razliko s modelom organizacije, ki je kasneje prevladoval v Ljubljani in Mariboru.