Zdravljenje kirurško bolnih otrok v Splošni bolnišnici Maribor je potekalo v otroških sobah posameznih oddelkov do preselitve kirurških oddelkov v Kirurško stolpnico. Od leta 1956 do leta 1975 so za operirane otroke skrbeli konziliarni pediatri.

Leta 1976 je bil ustanovljen »Odsek za otroško kirurgijo«, svoje prostore je dobil na istem nadstropju, kot je operacijski blok. Prvi predstojnik je bil kirurg prim. Štefan Varga, dr. med., ki je vodil odsek do leta 1980. Prim Varga je tako začel razvoj otroške kirurgije pod skupno streho. Izvzeti tega odseka so bili otroški kirurški bolniki plastične in rekonstruktivne kirurgije, otorinolaringologije in cervikofacialne kirurgije ter očesne kirurgije, ki so se naprej zdravili in ležali na teh oddelkih.

Leto 1980 je postala predstojnica odseka otroške kirurgije pediatrinja prim. Milojka Molan-Štiglič, dr. med.. Odsek je bil urejen po tako imenovanem »Ljubljanskem modelu otroške kirurgije«. Zaposlene so bile tri pediatrinje, ki so klinično vodile operirane otroke na odseku. Leta 1981 so zaceli na odseku opravljati ekokardiografske preglede otrok s prirojenimi in pridobljenimi srčnimi napakami.

Od leta 1989 življenjsko ogrožene kirurške bolnike zdravijo na Odseku za intenzivno terapijo na prvem nadstropju Pediatričnega oddelka.

Leto 1999 je bil odsek preseljen iz stolpnice na 4. nadstropje Pediatrije, kjer je do danes. Za kirurško oskrbo travmatoloških otrok so skrbeli travmatologi, za ortopedske bolnike ortopedi, za urološko kirurško patologijo urologi, za torakalno patologijo specialisti torakalnega oddelka in za splošno kirurgijo kirurgi abdominalne in splošne kirurgije. Za klinično oskrbo operiranih otrok sta na odseku dva pediatra. Do danes še zmeraj otroški bolniki plastične kirurške patologije, otorinolaringološke, cervikofacialne in očesne se zdravijo na matičnih oddelkih.

V sedanjem Univerzitetnem kliničnem centru Maribor, leto 2011, v tujini izobražen otroški kirurg in prof. otroške kirurgije Silvo Lipovšek, dr. med., ki je takrat delal v Celju, je dobil od vodstva ponudbo, da pripomore s svojo izkušnjo na razvoj in organizacijo sodobne otroške kirurgije v UKC Maribor. Doktor Lipovšek je ponudbo sprejel in se tako iz Celja preselil v Maribor.

Konec leta 2011 se je prim Milojka Molan-Štiglič, dr. med. upokojila. Od januarja 2012 konec leta 2014 je kirurg prof. dr. Vojko Flis, dr. med., ki je bil hkrati Strokovni vodja klinike za kirurgijo prevzel predstojništvo otroške kirurgije. Silvo Lipovšek, dr. med. pa postane namestnik predstojnika. V tem času se je otroška kirurgija začela organizacijsko spreminjat v skladu s sodobnimi organizacijskimi modeli uveljavljeni po celem svetu. Hkrati se je vključila in bila aktivno prisotna na Evropskih in svetovnih srečanj, tečajih in kongresih otroške kirurgije, ter regijsko začela strokovno sodelovati s glavnimi centri otroške kirurgije v Gradcu in Zagrebu.

Leto 2011 je Silvo Lipovšek predsedoval Organizacijski odbor »4. Evropskega tečaja otroške kirurgije za srednjo in vzhodno Evropo« v Mariboru pod okriljem Evropskega združenja otroških kirurgov (EUPSA). Celotni organizacijski odbor je bil sestavljen s mladimi kirurgi, bodoče »prve generacije otroških kirurgov v Sloveniji«.
Doktor Lipovšek, kot Sekretar SKOK-a, je nadaljeval svoje prizadevanje za izobraževanje »Prve generacije otroških kirurgov v Sloveniji« in tudi intenzivno delal za priznanje otroške kirurgije, kot specializacija.

Mlada specializantka splošne kirurgije iz Maribora, ki želi specializirati otroško kirurgijo, se je v tem času pridružila skupini te prve generacije.
Leto 2015 po spremenjeni sistematizaciji, je otroška kirurgija postala Oddelek in predstojnik oddelka kirurg. Silvo Lipovšek, dr. med. je postal predstojnik oddelka otroške kirurgije.

Leto 2015, je bila Slovenija sedež 16. Evropskega kongresa otroške kirurgije-SLOVENIJA 2015«, ki organizira EUPSA. Udeležilo se je 700 otroških kirurgov iz 60 držav Evrope in celega sveta. Predsednik kongresa je bil predstojnik Oddelka otroške kirurgije Univerzitetnega kliničnega centra Maribor prof. Silvo Lipovšek, dr. med. 15. junija 2015, je po dolgim prizadevanjem Zdravniška zbornica Slovenije priznala otroško kirurgijo, kot specializacijo. 

Danes na Oddelku otroške kirurgije s predstojnikom sodelujeta dva pediatra za klinično oskrbo kirurških otrok. Število operacij raste vsako leto, npr..leto 2015 je bilo 1494 operacij. Vizija razvoja otroške kirurgije v Mariboru je v prihodnosti, pridobiti še dva mlada kirurga na področju otroške kirurgije, postati referenčni center na severovzhodni regiji Slovenije in sodelovati s Celjem in Ljubljano za razvoj otroške kirurgije na naj višjo raven v Sloveniji za dobro kirurških otrok.